Prescott wurde 1863 Hauptstadt des neu gegründeten Arizona Territory, da dem damals amtierenden Präsidenten Abraham Lincoln das größere Tucson während des Bürgerkrieges zu südstaatenfreundlich erschien. Nach dem Bürgerkrieg wurde der Regierungssitz 1867-77 vorläufig nach Tucson und 1889 endgültig nach Phoenix verlegt.

Eine gepflegte Altstadt mit viktorianischen Wohnhäusern, hübschen Antiquitätengeschäften, Kunstgalerien und dem stattlichen Gerichtsgebäude erstreckt sie um den Courthouse Square. Die Kneipen an der einst so wilden - Whiskey Row genannten - South Montezuma Street gegenüber dem Gericht waren früher beliebter Treffpunkt der Cowboys.