
Die Mesa Verde war vom 1. bis Ende des 13. Jahrhunderts von den Anasazi-Indianern bewohnt. Die Archäologen unterscheiden vier Kulturperioden.
Ende des 13. Jahrhunderts verließen die Anasazi die Gegend. Ihre Beweggründe dazu sind nicht restlos bekannt. Anhand der Jahrringe des beim Häuserbau verwendeten Holzes konnte festgestellt werden, dass während des 13. Jahrhunderts mehrmals lange Trockenzeiten geherrscht haben, die das Wasser knapp werden ließen. Auch war das Klima in Nordamerika allgemein kühler geworden.
Man vermutet, dass die Anasazi nach Mittel-New Mexiko und Südarizona zogen, wo sie sich in den dortigen Pueblo-Indianern auflösten.
Die Felsnischensiedlungen wurden von den Weißen erst 1874 entdeckt. Es folgten Jahre mutwilliger, systematischer Zerstörung, Ausdruck der Verachtung, die man damals indianischem Kulturgut gegenüber empfand. Das beim Häuserbau verwendete Holz wurde verbrannt, die Ruinen wurden niedergerissen und die Töpfereien und Knochen, Zeugen des täglichen Lebens der Anasazi, zerstört. 1906 wurde der Nationalpark geschafft.
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Die Mesa Verde gehört geologisch zum Colorado-Plateau, einer Hochebene, die vorwiegend aus Meeres-, Fluss- und Sumpfablagerungen besteht und vor etwa 17 Mio. Jahren durch Erdkrustenbewegungen zu entstehen begann. Die Ablagerungen wurden um mehrere 1000 m angehoben.
Im Gebiet der Mesa Verde wurde die Sedimentdecke mit Neigung nach Süden hin gehoben und durch die Verwitterung auf die heutige Höhe von 2613 m abgetragen.
Die oberste Schicht bildet der gelbe sogenannte Cliff-House Sandstein mit seinen bis zu 150 m langen und 30 m tiefen Felsnischen, in welchen die Anasazi ihre Felssiedlungen (cliff house) gebaut hatten.
Unter der Sandsteinschicht liegt die schwarze Menefee-Kohle, ein stark kohlenhaltiger, wasserundurchlässiger Schiefer aus zu Stein verfestigtem Schlamm ausgedehnter, vegetationsreicher Sümpfe.
Die Hauptursache für die Entstehung der Felsnischen ist das leicht kohlensaure Regenwasser, welches durch den porösen Sandstein sickert und dabei das die Körner verfestigende Bindemittel, vorwiegend Oxyde, die auch für die Färbung des Sandsteins verantwortlich sind, löste. Im Laufe der Zeit bildete sich im Innern der Sandsteinschicht ein Netz von Kanälen und Seen (Reservoirs), das entweder auf Höhe der Schieferschicht oder an lockeren Stellen im Sandstein horizontal aus der Canyonwand trat.
Die Anasazi bezogen ihr Wasser von Quellen in den Nischen. Als nach langer Trockenheit auch das im Sandstein gespeicherte Wasser erschöpft war, verließen sie vermutlich die Gegend.
Das Parkgebiet weißt halbwüstenhafte bis wüstenhafte Vegetation auf.
Die beiden verbreitesten Baumarten sind die Mexikanische Steinkiefer, auch Pinyon genannt, und der Utah Wacholder, zwei kleinwüchsige, an karge, wüstenhafte Umweltbedingungen angepasste Koniferen. Sie bedecken den größten Teil der Mesa, teilweise die Canyonabhänge und manche Stellen des Canyonbodens. Für die Anasazi waren diese Bäume Nahrungsquelle, Brenn- und Baumaterial, Gewürz-, Färbe- und Heilmittelspender.
In der Umgebung gedeihen verschiedene Kakteenarten, insbesondere die gelb-blumigen Opuntien, ferner Yuccas mit ihren weißen Blütenkerzen und schließlich die verschiedenen dornenreichen, stets etwas verdorrt wirkenden Gebüsche.
Entlang dem feuchterem Nordrand der Mesa und in den schattigen, feuchteren Seitentälern sind leichte Bestände von Douglastannen, Gelbkiefern und Amerikanischen Zitterpappeln anzutreffen. Auf dem trockenen heißen Canyonboden findet man neben anderen Wüstenpflanzen vor allem den Nordamerikanischen Beifuss (sage Brush), ein stacheliges Gestrüpp, vor.
Das verbreitetste Säugetier im Park ist der Maultierhirsch. Früher waren hier auch Berglöwen und Schwarzbären heimisch, seit Jahren hat man jedoch keines dieser Tiere mehr beobachtet.
Im Parkgebiet anwesend sind einige Kojoten und Luchse, der Besucher wird aber kaum die Gelegen-heit haben, einem dieser scheuen Tiere zu begegnen. Verbreitet sind Hasen, Stachelschweine, Streifen- und Erdhörnchen. Bei Dämmerung sind zahlreiche Fledermäuse unterwegs auf der Jagd nach Insekten.
Die Vogelwelt ist mit über 170 Arten vertreten. Allgegenwärtig sind die stimmgewaltigen Raben und ihre kleineren Vettern, die nicht weniger lärmenden Häher, ferner Schwalben und Segler sowie verschiedene Sänger, Sperlinge und Finkenvögel.
Der einst ausgerottete wilde Truthahn wurde im Park neu angesiedelt. Knochenfunde lassen darauf schließen, dass die Anasazi Truthähne hielten und dass diese Vögel hier auch wild vorkamen.
Ein paar Schlangenarten, darunter eine sehr seltene Klapperschlange, sowie einige kleine Echsenarten machen den Reptilienbestand aus.